南京中医药大学医院（以下简称校医院）成立于2006年，主要职能为全校教职工与学生提供基本医疗服务（日常门急诊、各种大型活动的医疗保障等）以及承担公共卫生管理(传染病防控、突发公共卫生事件防控、食品卫生监督、新生体检、教职工体检、疫苗接种和健康教育等)、教职工公费医疗与大学生医保管理、促进教职工身心健康管理、计划生育管理等工作。校医院分两校区办公，汉中校区服务对象主要为600名离退休老同志、部分留守的教职工和临床见、实习学生，承担内科日门诊及寒暑假的内科值班工作；仙林校区服务对象主要为仙林校区近2万名教职工和学生，承担日门诊及全天24小时内科急诊值班工作。

        校医院下设医保管理事务部、公共卫生与医政事务部、护理部和药剂部，下辖南京中医药大学保健门诊部和南京中医药大学医务室。

        全院现有职工41人（其中卫技人员34人，高级职称者6人，具有硕士以上学历者15人），下辖的保健门诊部设有内科、外科、妇科、口腔科、眼科、中医科、全科医疗科以及医学检验科、医学影像科（x线、超声、心电图）等临床医疗及医技科室。

        为体现我校中医药特色，满足广大师生员工对中医药治疗的需求，校医院开设了中医专家门诊和中药饮片药房，由我校中医学院.中西医结合学院、针灸推拿学院·养生康复学院、中医药文献研究所等单位的专家轮流坐诊，提供精品小包装中药饮片。

        校医院全体职工秉承“关爱师生，呵护生命”的院训，认真履行医院职能，不断提升医院各项工作水平，竭诚为广大师生员工提供更加优质的医疗服务。